Na zesłaniu na Wyspie Świętej Heleny Napoleon przebywał 6 lat. Zmarł 5 maja 1821 r. o godzinie 17.49, w wieku 52 lat. W 1840 r. jego zwłoki przewieziono do Paryża i złożono w sarkofagu w kościele Inwalidów.

Przyczyny śmierci Napoleona nie były do końca jasne. Najbardziej powszechne było mniemanie, że cesarz Francuzów został otruty arszenikiem. Badania zakończone w 2007 przez międzynarodowy zespół złożony z naukowców ze Stanów Zjednoczonych, Kanady i Szwajcarii wykluczyły jednak tę diagnozę. Ich zdaniem Napoleon cierpiał na zaawansowanego raka żołądka i nawet dzisiejsze nowoczesne metody leczenia nie dałyby mu szans na przeżycie więcej niż roku. Badacze oparli się na wielu źródłach - nie tylko na wynikach sekcji, ale i na opisach sporządzonych przez jego lekarzy oraz relacjach osób, które towarzyszyły mu w ostatnich miesiącach życia na wyspie Św. Heleny. Odkryto dwa wielkie wrzody żołądka, z których jeden przebijał się do wątroby i wszystko wskazuje na to, że rakowe zmiany zaatakowały inne narządy. Jedną z przyczyn choroby mogło być prawdopodobnie spożywanie dużej ilości żywności konserwowanej solą i mała ilość świeżych warzyw i owoców w diecie wodza spędzającego życie na polach bitewnych. W grę mogą wchodzić również czynniki dziedziczne - ojciec Napoleona Bonaparte, brat Lucjan i siostra Paulina umarli także na raka żołądka.